fix bond/create: LAMMPS中形成新键

分子动力学模拟中通常不会涉及化学反应过程（反应力场例外），但出于一些特殊的需要（建立一个交联的网络模型），有一些简单粗暴的处理方式，比如LAMMPS中给出了fix bond/create命令。 （本文档为个人笔记性质，具体以官方Manual为准）

Package依赖

本命令需要编译MC package, 在编译命令中额外加入 -D PKG_MC=yes 即可。

语法与案例

简单用法：

fix 1 all bond/create 20 1 2 1.1 3 prob 0.98 1213 iparam 2 3 jpram 3 4

其含义为，每20步判定一次是否成键，粒子类型（Particle Type）为1和2之间可以成键，且两者的距离小于1.1单位距离，新成键的类型（Bond Type）为3，成键的概率为0.98，随机数种子为1213。其中第一个能成键的粒子类型（即iparam，这里对应为1）最多有两个化学键，当达到“饱和”后，这个粒子的类型变为3；相应地，能成键的2号粒子类型最多能有3个键，当达到“饱和”以后，粒子类型变为4。

成键步骤完成后，需要在read_data中给新形成的键/键角/二面角等作用，预留出编号空间

read_data file keyword args ...

keword=extra/atom/types or extra/bond/types or extra/angle/types or 
extra/dihedral/types or extra/improper/types or extra/bond/per/atom or
extra/angle/per/atom or extra/dihedral/per/atom or extra/improper/per/atom

extra/atom/types arg = # of extra atom types
extra/bond/types arg = # of extra bond types
extra/angle/types arg = # of extra angle types
extra/dihedral/types arg = # of extra dihedral types
extra/improper/types arg = # of extra improper types
extra/bond/per/atom arg = leave space for this many new bonds per atom
extra/angle/per/atom arg = leave space for this many new angles per atom
extra/dihedral/per/atom arg = leave space for this many new dihedrals per atom
extra/improper/per/atom arg = leave space for this many new impropers per atom
extra/special/per/atom arg = leave space for extra 1-2,1-3,1-4 interactions per atom

更多细节描述以手册中fix bond/create command为准